A new proposal for microarray background correction by means of a GLMM

Abstract

La tecnologia microarray ha il grosso pregio di misurare simultaneamente il livello di espressione di migliaia di geni. All’elevata quantità d’informazione fornita da un singolo chip si contrappone la necessità di un adeguato pretrattamento dei dati grezzi al fine di ottenere una misura “affidabile” del livello di espressione genetico. Scopo del lavoro è analizzare, attraverso un modello lineare generalizzato misto, il legame esistente fra il livello d’intensità osservato ed il livello di concentrazione, attraverso l’utilizzo degli esperimenti Spike-In forniti dall’Affymetrix. Si propone, quindi, un nuovo metodo per la correzione del background.