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Strumenti collaborativi nei progetti di ricerca (documentation tools, Electronic Lab Notebook, etc.)

3-lug-2023

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Durante la gestione di un progetto di ricerca può essere molto utile ed è consigliato l’utilizzo di strumenti collaborativi che consentano la gestione condivisa della documentazione di progetto e della relativa organizzazione, della gestione del versioning, della comunicazione

Nella documentazione di progetto devono essere gestiti gli accordi riguardanti i termini di collaborazione tra diversi gruppi di ricerca (interni all'organizzazione o interni ed esterni); altri documenti possono riguardare accordi sulla proprietà intellettuale di dati, protocolli, prodotti della ricerca, uso futuro di essi e relativi tempi di conservazione, e anche la scelta dei dati che saranno oggetto di distruzione alla fine del progetto. Altri documenti da gestire e condividere potrebbero essere, ad esempio, dei piani operativi di progetto: sono indispensabili per la definizione di ruoli e responsabilità, aspetto strettamente legato all'authorship (definizione della lista degli autori dei prodotti finali, e del relativo ruolo, ordine degli autori, chi deciderà se e quando sottoporre il prodotto della ricerca per la review e per la pubblicazione) e legato anche all'accountability, cioè alla formalizzazione di "un impegno e un assetto organizzativo volti a rendere trasparente, tracciabile, controllabile e giudicabile ciascuno stadio del proprio operato" (in Edoardo Lombardi Vallauri (2022), "Come possiamo tradurre accountability", Accademia della crusca, https://accademiadellacrusca.it/it/consulenza/come-possiamo-tradurre-accountability/11093). Da questi aspetti scaturisce la definizione di profili autorizzativi per l'accesso alle informazioni di progetto, dati compresi. Il piano operativo di progetto è utile in tutte quelle discipline che necessitano di metodogie che devono essere descritte passo per passo e risulta vantaggioso nel caso in cui ci sia un turnover nel personale coinvolto nel progetto.

Di seguito alcuni strumenti consigliati per la gestione della documentazione:

Open Science Framework (OSF) - Si tratta di un sistema di gestione basato sul cloud che consente la strutturazione di un progetto e di gestire il controllo degli accessi. E' interoperabile con Github, Dropbox, Google Drive e tanti altri, per cui consente di essere utilizzato in un contesto in cui interagiscono tra loro diversi gruppi di ricerca di diversa provenienza ed affiliazione. Consente una gestione wiki della documentazione: con la creazione di una pagina principale per il progetto è possibile guidare i partecipanti nella consultazione dei documenti di maggior rilievo, le novità in evidenza, protocolli di laboratorio, progetti e dati.

protocols.io. - Consente di creare dei protocolli dettagliati e interattivi e può essere utilizzato sia su pc desktop che su mobile. 

Riguardo invece all'organizzazione della documentazione in cartelle sarà opportuno tenere aggiornato uno specifico documento di progetto dove sono codificate le regole per la gestione e nomenclatura di file e documenti. 

Tra gli strumenti consigliati per la gestione collaborativa dei file, Dropbox consente di organizzare i file in cartelle e sottocartelle in un cloud e offre l'interoperabilità con strumenti quali Google Workspace, Zoom, Adobe Creative Cloud, Microsoft Office, Canva, ecc.

 

Un altro aspetto della gestione collaborativa dei documenti di progetto è il controllo delle versioni, che è indispensabile quando più persone del gruppo di lavoro hanno accesso ai documenti e possono editarli. In assenza di un software specifico, è bene prevedere delle regole di nomenclatura dei documenti. Un software di controllo delle versioni conserva uno snapshot dei files e/o cartelle, fatto in un certo momento, così da garantire la possibilità di identificare l'autore di una determinata modifica ed evitare la proliferazione di più documenti tutti simili tra loro. Utile in questo caso, Dropbox, già citato, che offre funzionalità anche di controllo della versione, oppure lo stesso Open Science Framework (OSF).

Ad esempio, nelle discipline STEM, Overleaf è un software che facilita la scrittura di documenti di lavoro, tesi, articoli scientifici in modalità collaborativa. Si tratta di un editor LaTex online che consente la redazione di testi, articoli, report e altri prodotti della ricerca. Permette inoltre di tracciare le modifiche in tempo reale e di condividere il testo con un numero illimitato di collaboratori e conservare la cronologia completa dei documenti. Overleaf supporta quasi tutte le funzionalità di LaTeX, inclusa l'aggiunta di immagini, bibliografie, equazioni e molto altro (il linguaggio LaTeX è un linguaggio di marcatura ampiamente usato, in particolar modo nel mondo accademico, per la scrittura di testi contenenti formule matematiche). 
Overleaf si può integrare con Mendeley (software proprietario gratuito, che fornisce un programma desktop e web per la gestione e condivisione di documenti oltre che per la ricerca e la collaborazione online), Git (sistema di controllo delle versioni moderno di gran lunga più utilizzato attualmente a livello globale), Plot.ly (si tratta di una libreria gratuita e open source, costruita su d3.js e stack.gl. Viene usata per importare e analizzare i dati, creando grafici interattivi browser-based. Offre API per Python, R, MATLAB, Arduino, Julia, Perl e REST, oltre ad una sandbox Python.). Inoltre offre una sincronizzazione bidirezionale con Dropbox e GitHub.
Overleaf collabora con un'ampia gamma di editori scientifici per fornire modelli LaTeX per riviste ufficiali e collegamenti per l'invio diretto.
 

Un altro elemento chiave nella gestione collaborativa dei progetti è la comunicazione.  In primis devono essere comunicati e condivisi obiettivi, ruoli e responsabilità. Una buona comunicazione di progetto prevede il regolare invio di aggiornamenti sintetici e chiari su eventi chiave del progetto è auspicabile prevedere incontri periodici con il/i team oltre che un piano di comunicazione del progetto, per fissare le regole stabilite in merito alla comunicazione. Alcuni strumenti utili possono essere Slack (per inviare messaggi o file a specifici membri del progetto) o veri e propri strumenti di project management o di bug tracking (es. BaseCamp, Trello, Jira, Asana, ClickUp, ecc.).

Fonte: Video "Research Collaboration Strategies and Tools", in Harvard Library YouTube Channel, https://youtu.be/0JzNNxheT1A. Slide all'URL https://www.dropbox.com/s/k819eis10g5erey/20200918-RDM-Research-Collaboration.pdf?dl=0. Molto utile, all'interno delle slide, la n. 34, con una rappresentazione grafica degli strumenti più diffusi a supporto delle diverse fasi di un progetto di ricerca. 

 

Una particolare tipologia di strumenti a supporto dell'attività di ricerca è rappresentata dagli Electronic Lab Notebook.

Un Electronic Lab Notebook (o ELN o digital lab notebook) è un software progettato per supportare gli scienziati nella gestione della documentazione, nella condivisione delle informazioni di progetto e per garantire la riproducibilità della ricerca.

Tra le funzionalità offerte dagli ELN:

  • Editor di testo per scrivere note  e appunti

  • Fogli elettronici per il calcolo e la formattazione di tabelle e grafici

  • Modelli per la documentazione di procedure e protocolli

  • Inventari di laboratorio per la documentazione di campioni, reagenti e apparecchiature

  • Strumenti di collaborazione per la condivisione di informazioni sperimentali

Con un ELN è possibile acquisire ed organizzare i dati, collegarli a protocolli, collaborare condividendo documenti e dati direttamente nell'ambiente  di lavoro, consentire ai principal investigators di osservare e gestire i flussi di lavoro del laboratorio, esportare i dati in diversi formati. Molti di essi si integrano con decine di strumenti largamente diffusi che fanno parte dell'ecosistema della ricerca, tra cui piattaforme di data repository (es. Dataverse o altri), o strumenti per la compilazione ed aggiornamento del DMP, ecc. 

Un elenco di Electronic Lab Notebook, sia open source che a pagamento, è consultabile alla pagina Wikipedia List of electronic laboratory notebook software packages. La pagina contiene anche una utile bibliografia.

Ulteriori informazioni ed utili consigli, oltre ad altre liste di ELN da utilizzare, possono essere ritrovati sul sito dell'Università TU Delft, oppure sul sito dell'Università di Harvard, dove si può trovare anche il link alla Electronic Lab Notebook Comparison Matrix, una tabella comparativa di 33 ELN, nella quale le caratteristiche comuni a tale tipo di software sono state censite direttamente presso i venditori con l'ausilio di un questionario, elaborato dai bibliotecari dell'Università di Harvard (Harvard Longwood Medical Area Research Data Management Working Group. (2021). Electronic Lab Notebook Comparison Matrix. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.4723753). 

Consigli sui criteri da adottare per la scelta di un Elctronic Lab Notebook, nell'articolo Roberta Kwok, How to pick an electronic laboratory notebook, Nature 560, 269-270 (2018), https://doi.org/10.1038/d41586-018-05895-3. Tra i diversi consigli: valutare attentamente i costi; assicurarsi che la conservazione dei dati, in caso di applicazione basata sul cloud, sia in regola con il GDPR; attenzionare la solidità della ditta produttrice e la stabilità del software; valutare se il software è disponibile anche in versione per dispositivi mobili; considerare l'integrazione con altri software, la possibilità di utilizzare il software in prova per un certo periodo.