Alla categoria dei software per la gestione delle citazioni appartengono: Bibsonomy – Bibtex - CiteUlike – Delicious – ReferenceManager strumenti arricchiti per le interazioni tipiche del Web 2.0; il loro scopo è quello di fornire allo studioso un mezzo rapido e preciso per la registrazione e l'utilizzo delle citazioni bibliografiche grazie a un database in cui immettere i riferimenti bibliografici completi e un sistema per generare liste di articoli e bibliografie nei diversi stili citazionali in uso.

BIBSONOMY semplifica la stesura della bibliografia delle riviste scientifiche. Offre inoltre l’opportunità di archiviare e gestire i propri segnalibri e i dati delle pubblicazioni; favorisce la collaborazione fra colleghi permettendo di trovare materiale utile alla propria ricerca. BibSonomy supporta molti formati (es. Microsoft Word Reference Manager, EndNote, and BibTeX)

BIBTEX è un programma open capace di recuperare e gestire i riferimenti bibliografici in formato BibTeX, utilizzato dal programma di scrittura LaTeX.

CITEULIKE offre alla comunità accademica un portale gratuito per l'archiviazione, la gestione e il reperimento di documentazione scientifica. Basato sul social bookmarking permette di importare in maniera semi-automatica da Amazon, arXiv.org, JSTOR, PLoS, PubMed, SpringerLink, e ScienceDirect.

DELICIOUS è uno strumento gratuito che permette di raccogliere gli indirizzi delle pagine web consultate durante il proprio studio di ricerca. Secondo un metodo molto rapido si aggiunge con un rapido click l’indirizzo selezionato creando così uno scaffale virtuale di pagine consultate alle quali si può accedere direttamente da qualsiasi postazione web.

REFERENCEMANAGER è stato il primo reference management software commerciale sviluppato nel 1982 dalla Research Information Systems e poi acquisito dalla Thomson Reuters. La ricerca avviene direttamente in Web of science, PubMed e altri database.